Действие разворачивается в Академгородке, где 80% из 2 300 000 жителей — студенты. На этот раз главная героиня — очаровательная девушка по имени Мисака Микото, очень сильный экстрасенс пятого уровня по прозвищу Рейлган, которое ей дали за умение виртуозно обращаться с электричеством.

Шестнадцать лет назад в Японии был принят закон «О воспитании детей и общественном порядке», запрещающий любое поведение, выходящее за рамки человеческой нравственности. В результате этого в обществе возник культ добродетели и морали, возникли даже особые школы. В одно из таких учебных заведений, пропагандирующих благопристойность и вежливость, поступает и Танукичи Окума.

Однажды вечером Сакуракоджи Сакура увидела, как какой-то парень сжигает людей заживо. Утром она встречает его в собственном классе. Несмотря на то, что новичок Огами Рей все отрицает, а доказательств у девушки нет, она решается вывести преступника на чистую воду.