«Чёрная лагуна» — маленькая компания, которая доставляет грузы, зачастую нелегальные, по всему Южно-Китайскому морю. Тёмная сторона жизни Таиланда, Филиппин, Малайзии, Индонезии и даже Японии. Мафии разных стран — от Китая и Италии до Колумбии и России — бьются за власть в главном пиратском городе восточных морей, мифическом Роанапуре.

Ватануки Кимихиро — обычный старшеклассник. У него есть девушка, которая ему нравится, и друг, который ему не нравится, обычная жизнь старшеклассника. Но есть одно «но»: Ватануки может видеть странности, будь это духи или души умерших. И это ему очень мешает в обычной жизни. Однажды, убегая от духов, Ватануки наткнулся на магазин ведьмы Юко, в котором […]

Рин Окимура и его брат Юкио — сироты, росшие в храме священника и экзорциста Фудзимото. Рин — парень неплохой, но вспыльчивый, придурковатый и постоянно ввязывающийся в драки. Юкио же наоборот, умный, прилежный и мечтающий стать врачом (и лечение извечных ссадин брата ему в этом лишь помогает).

Роберта, террористка-горничная, боевик ФАРК, появившаяся в первом сезоне «Черной Лагуны» возвращается. Действия будут происходить как в знакомом Роанапуре, так и в других весьма экзотических местах. События коснутся непосредственно команды «Лагуны», а вот куда приведут эти самые события — это и предстоит узнать.