В далеком будущем Земля была уничтожена космическими пришельцами Гауна. Её жители бежали в космос, превратив осколки родной планеты в гигантские корабли, но сбить врага со следа не удалось. «Сидония» — один из кораблей-миров, что ищет новый дом, отбиваясь от Гауны, монстров-оборотней с каменной броней. Главная защита ковчега — боевые роботы-стражи, обладающие оружием, способным уничтожить чужаков.

Наследник семьи якудза вынужден сойтись с дочерью главы другого клана, чтобы избежать войны преступных группировок.