В XXVI веке между земными силами Космического командования Объединённых наций и религиозным союзом нескольких инопланетных рас идёт ожесточённая война. Люди изо всех сил борются за выживание, но всё же сдают позиции на всех фронтах. Последней надеждой становится проект SPARTAN-II — программа создания усиленных людей, которые должны стать самым эффективным оружием в борьбе с пришельцами.

Секретная программа ЦРУ «Тредстоун» превращает оперативников в смертоносных убийц с помощью модификаций поведения. Несколько подобных «спящих» агентов в разных уголках мира неожиданно активируются для выполнения тайной миссии.