Сотни лет люди живут в глубоких пещерах, в постоянном страхе перед землетрясениями и обвалами. В одной из таких подземных деревень живет мальчик Симон и его духовный наставник — парень Камина. Камина верит, что наверху есть другой мир, без стен и потолков, его мечта — попасть туда.

Воздушный флот организации WILLE успешно проводит парижскую операцию: отбивается от армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и заполучает боеприпасы и запчасти «Евангелионов». А в это время потерявший волю к жизни из-за смерти Каору и чуть было не устроенного им самим Четвёртого удара Синдзи вместе с Рэй послушно следует за Аской, и вскоре троица оказывается в Третьей деревне — восстановленном поселении, где люди пытаются наладить мирную жизнь.