Действие разворачивается в Академгородке, где 80% из 2 300 000 жителей — студенты. На этот раз главная героиня — очаровательная девушка по имени Мисака Микото, очень сильный экстрасенс пятого уровня по прозвищу Рейлган, которое ей дали за умение виртуозно обращаться с электричеством.

Приключения братьев Элрик, как в старые добрые времена: Альфонс заключен в доспехах и они с Эдвардом, в рядах государственных алхимиков, выполняют очередное, опасное и захватывающее задание. На сей раз в погоне за беглым преступником, Эд и Ал отправляются на запад, в город с непростой историей, под названием Милос.

На этот раз бравая команда борется с внеземной угрозой с планеты Пикт, обитатели которой намерены обесцветить всю Землю.